Nato a Pesaro il 15 gennaio 1976, Baioni comincia la sua carriera come istruttore di minibasket e giovanile. Nella stagione 2001/2002 è assistente della Falco Pesaro in B Eccellenza. La stagione successiva approda alla Vuelle dove comincia come allenatore delle formazioni giovanili. Nella stagione 2003/2004 viene chiamato come assistente della Nazionale Under 16 ed inizia a collaborare anche con la prima squadra pesarese, di cui diventa assistente a tempo pieno nella stagione 2005/2006 in B Eccellenza, ottenendo la promozione in Legadue e l’anno successivo quella nella massima serie. Nella stagione 2007/2008 viene chiamato come assistente della Nazionale Under 18 e prosegue la sua esperienza di assistente dei biancorossi, con i quali partecipa all’Eurochallenge arrivando alle Final Four di Gottingen (2009/2010). Nella stagione 2010/2011 l’approdo alla Montepaschi.

Nell'ottobre 2010 arriva il primo trofeo della nuova stagione con la vittoria della Supercoppa.